El siguiente trabajo se centrará en el análisis exploratorio del conjunto de datos de Regiones socioeconómicas de Costa Rica proporcionado por Atlas digital de Costa Rica 2014, y el Registros de presencia de mamíferos en Costa Rica obtenido a través de una consulta al portal de datos de la Infraestructura Mundial de Información en Biodiversidad (GBIF), que contienen valiosa información sobre la riqueza de especies de mamíferos en Costa Rica.
El objetivo principal de este trabajo es a partir del análisis exploratorio de los datos, presentar visualizaciones relevantes sobre la distribucion de la riqueza de especies de mamíferos en las Regiones socioeconómicas de Costa Rica. Para ello, se utilizará técnicas de visualización de datos como el mapas, gráfico de barras y tablas interactivas. Estas herramientas nos permiten analizar información importante acerca de la riqueza (i.e. cantidad) de especies de mamíferos en cada Región socioeconómica.
library(tidyverse)
library(DT)
library(ggplot2)
library(plotly)
library(ggthemes)
library(hrbrthemes)
library(dplyr)
library(dslabs)
library(sf)
library(rgdal)
library(raster)
library(terra)
library(leaflet)
library(leaflet.extras)
library(leafem)
library(viridisLite)# Carga de datos de regiones socioeconónicas de Costa Rica
regiones <-
st_read(
dsn = "raw.githubusercontent.com_gf0604-procesamientodatosgeograficos_2023-i_main_datos_mideplan_regiones_socioeconomicas_simp_10m.geojson",
quiet = TRUE
) |>
st_transform(4326) # reproyección a WGS84
# Carga de datos de mamíferos de Costa Rica
mamiferos <-
st_read(
"mamiferos.csv",
options = c(
"X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude", # columna de longitud decimal
"Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude" # columna de latitud decimal
),
quiet = TRUE
)
# Asignación del CRS WGS84
st_crs(mamiferos) <- 4326# Unión espacial de mamíferos y regiones
mamiferos_union_regiones <-
st_join(
x = mamiferos,
y = dplyr::select(regiones, region, codigo),
join = st_within
)# Conteo de la cantidad de especies de mamíferos en las regiones
riqueza_especies_mamiferos_regiones <-
mamiferos_union_regiones |>
group_by(codigo) |>
st_drop_geometry() |>
summarize(riqueza_especies_mamiferos = n_distinct(species, na.rm = TRUE))# Unión (no espacial) de regiones socioeconómicas y riqueza de especies
regiones_union_riqueza <-
left_join(
x = regiones,
y = dplyr::select(riqueza_especies_mamiferos_regiones, codigo, riqueza_especies_mamiferos),
by = "codigo"
) |>
replace_na(list(riqueza_especies_mamiferos = 0))
# Despliegue de los datos de riqueza de especies en regiones socioeconómicas
regiones_union_riqueza |>
st_drop_geometry() |>
dplyr::select(region, riqueza_especies_mamiferos) |>
arrange(desc(riqueza_especies_mamiferos)) |>
datatable(
colnames = c("Regiones socioeconómicas", "Riqueza de especies de mamíferos"),
options = list(
pageLength = 5,
language = list(url = '//cdn.datatables.net/plug-ins/1.10.11/i18n/Spanish.json')
)
)# Factor de color para cada especies
colores_especies <- colorFactor(
palette = viridis(length(unique(mamiferos$species))),
domain = mamiferos$species
)
# Paleta de colores de riqueza de especies
colores_riqueza_especies <- colorNumeric(
palette = "Oranges",
domain = regiones_union_riqueza$riqueza_especies_mamiferos,
na.color = "transparent"
)
# Mapa leaflet combinado
my_map <- leaflet() |>
setView(
lng = -84.19452,
lat = 9.572735,
zoom = 7
) |>
addTiles(group = "Mapa general (OpenStreetMap)") |>
addProviderTiles(
providers$Esri.WorldImagery,
group = "Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)"
) |>
addPolygons(
data = regiones,
color = "black",
fillColor = "transparent",
stroke = TRUE,
weight = 1.5,
popup = paste(
paste0("<strong>Código de la región: </strong>", regiones$codigo),
paste0("<strong>Región: </strong>", regiones$region),
sep = '<br/>'
),
group = "Región"
) |>
addPolygons(
data = regiones_union_riqueza,
fillColor = ~colores_riqueza_especies(regiones_union_riqueza$riqueza_especies_mamiferos),
fillOpacity = 0.8,
color = "black",
stroke = TRUE,
weight = 1.0,
popup = paste(
paste("<strong>Región:</strong>", regiones_union_riqueza$region),
paste("<strong>Riqueza de especies:</strong>", regiones_union_riqueza$riqueza_especies_mamiferos),
sep = '<br/>'
),
group = "Riqueza de especies"
) |>
addCircleMarkers(
data = mamiferos,
stroke = F,
radius = 4,
fillColor = ~colores_especies(mamiferos$species),
fillOpacity = 1.0,
popup = paste(
paste0("<strong>Especie: </strong>", mamiferos$species),
paste0("<strong>Localidad: </strong>", mamiferos$locality),
paste0("<strong>Fecha: </strong>", mamiferos$eventDate),
paste0("<strong>Fuente: </strong>", mamiferos$institutionCode),
paste0("<a href='", mamiferos$occurrenceID, "'>Más información</a>"),
sep = '<br/>'
),
group = "Registros de presencia"
) |>
addScaleBar(
position = "bottomleft",
options = scaleBarOptions(imperial = FALSE)
) |>
addLegend(
position = "bottomleft",
pal = colores_riqueza_especies,
values = regiones_union_riqueza$riqueza_especies_mamiferos,
group = "Riqueza de especies",
title = "Riqueza de especies"
) |>
addLayersControl(
baseGroups = c(
"Mapa general (OpenStreetMap)",
"Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)"
),
overlayGroups = c(
"Región",
"Riqueza de especies",
"Registros de presencia"
)
) |>
addResetMapButton() |>
addSearchOSM() |>
addMouseCoordinates() |>
addFullscreenControl()
my_map