El siguiente trabajo se centrará en el análisis exploratorio del conjunto de datos de Regiones socioeconómicas de Costa Rica proporcionado por Atlas digital de Costa Rica 2014, y el Registros de presencia de mamíferos en Costa Rica obtenido a través de una consulta al portal de datos de la Infraestructura Mundial de Información en Biodiversidad (GBIF), que contienen valiosa información sobre la riqueza de especies de mamíferos en Costa Rica.
El objetivo principal de este trabajo es a partir del análisis exploratorio de los datos, presentar visualizaciones relevantes sobre la distribucion de la riqueza de especies de mamíferos en las Regiones socioeconómicas de Costa Rica. Para ello, se utilizará técnicas de visualización de datos como el mapas, gráfico de barras y tablas interactivas. Estas herramientas nos permiten analizar información importante acerca de la riqueza (i.e. cantidad) de especies de mamíferos en cada Región socioeconómica.
Código para cargar los datos de las regiones socioeconómicas y registros de presencia de mamíferos de Costa Rica
# Carga de datos de regiones socioeconónicas de Costa Ricaregiones <-st_read(dsn ="raw.githubusercontent.com_gf0604-procesamientodatosgeograficos_2023-i_main_datos_mideplan_regiones_socioeconomicas_simp_10m.geojson",quiet =TRUE ) |>st_transform(4326) # reproyección a WGS84# Carga de datos de mamíferos de Costa Ricamamiferos <-st_read("mamiferos.csv",options =c("X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude", # columna de longitud decimal"Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"# columna de latitud decimal ),quiet =TRUE )# Asignación del CRS WGS84st_crs(mamiferos) <-4326
III Parte. Tabla de Riqueza de especies de mamíferos en Regiones socioeconómicas de Costa Rica
Unión de datos espaciales
Código para la unión espacial de mamíferos y regiones
# Unión espacial de mamíferos y regiones mamiferos_union_regiones <-st_join(x = mamiferos,y = dplyr::select(regiones, region, codigo), join = st_within )
Código para el conteo de la cantidad de especies de mamíferos en cada región socioeconómica en Costa Rica
# Conteo de la cantidad de especies de mamíferos en las regionesriqueza_especies_mamiferos_regiones <- mamiferos_union_regiones |>group_by(codigo) |>st_drop_geometry() |>summarize(riqueza_especies_mamiferos =n_distinct(species, na.rm =TRUE))
Código para la unión no espacial de regiones con el dataframe de riqueza de especies en regiones
# Unión (no espacial) de regiones socioeconómicas y riqueza de especiesregiones_union_riqueza <-left_join(x = regiones,y = dplyr::select(riqueza_especies_mamiferos_regiones, codigo, riqueza_especies_mamiferos),by ="codigo" ) |>replace_na(list(riqueza_especies_mamiferos =0))# Despliegue de los datos de riqueza de especies en regiones socioeconómicasregiones_union_riqueza |>st_drop_geometry() |> dplyr::select(region, riqueza_especies_mamiferos) |>arrange(desc(riqueza_especies_mamiferos)) |>datatable(colnames =c("Regiones socioeconómicas", "Riqueza de especies de mamíferos"),options =list(pageLength =5,language =list(url ='//cdn.datatables.net/plug-ins/1.10.11/i18n/Spanish.json') ) )
IV Parte. Mapa de Riqueza de especies de mamíferos en Regiones socioeconómicas de Costa Rica
Código para generar un mapa combinado de regiones socioeconómicas, registros de presencia de mamíferos y riqueza de especies en Costa Rica
# Factor de color para cada especiescolores_especies <-colorFactor(palette =viridis(length(unique(mamiferos$species))), domain = mamiferos$species)# Paleta de colores de riqueza de especiescolores_riqueza_especies <-colorNumeric(palette ="Oranges",domain = regiones_union_riqueza$riqueza_especies_mamiferos,na.color ="transparent")# Mapa leaflet combinadomy_map <-leaflet() |>setView(lng =-84.19452,lat =9.572735,zoom =7 ) |>addTiles(group ="Mapa general (OpenStreetMap)") |>addProviderTiles( providers$Esri.WorldImagery, group ="Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)" ) |>addPolygons(data = regiones,color ="black",fillColor ="transparent",stroke =TRUE,weight =1.5,popup =paste(paste0("<strong>Código de la región: </strong>", regiones$codigo),paste0("<strong>Región: </strong>", regiones$region),sep ='<br/>' ),group ="Región" ) |>addPolygons(data = regiones_union_riqueza,fillColor =~colores_riqueza_especies(regiones_union_riqueza$riqueza_especies_mamiferos),fillOpacity =0.8,color ="black",stroke =TRUE,weight =1.0,popup =paste(paste("<strong>Región:</strong>", regiones_union_riqueza$region),paste("<strong>Riqueza de especies:</strong>", regiones_union_riqueza$riqueza_especies_mamiferos),sep ='<br/>' ),group ="Riqueza de especies" ) |>addCircleMarkers(data = mamiferos,stroke = F,radius =4,fillColor =~colores_especies(mamiferos$species),fillOpacity =1.0,popup =paste(paste0("<strong>Especie: </strong>", mamiferos$species),paste0("<strong>Localidad: </strong>", mamiferos$locality),paste0("<strong>Fecha: </strong>", mamiferos$eventDate),paste0("<strong>Fuente: </strong>", mamiferos$institutionCode),paste0("<a href='", mamiferos$occurrenceID, "'>Más información</a>"),sep ='<br/>' ),group ="Registros de presencia" ) |>addScaleBar(position ="bottomleft", options =scaleBarOptions(imperial =FALSE) ) |>addLegend(position ="bottomleft",pal = colores_riqueza_especies,values = regiones_union_riqueza$riqueza_especies_mamiferos,group ="Riqueza de especies",title ="Riqueza de especies" ) |>addLayersControl(baseGroups =c("Mapa general (OpenStreetMap)","Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)" ),overlayGroups =c("Región","Riqueza de especies","Registros de presencia" ) ) |>addResetMapButton() |>addSearchOSM() |>addMouseCoordinates() |>addFullscreenControl()my_map